Азатиоприн противопоказан беременным женщинам или планирующим беременность в ближайшее время без тщательной оценки соотношения степени риска и пользы.
Доказательства тератогенности азатиоприна у человека неоднозначны. Как и в случае любой цитотоксической химиотерапии, при приёме азатиоприна следует соблюдать адекватные меры контрацепции, если один из партнёров получает Азатиоприн