Ситуация по иерсиниозу действительно неоднозначная. Учитывая длительность имеющихся симптомов со стороны ЖКТ, в крови были бы уже обнаружены IgG к иерсиниям. Все же IgA больше характерны для острого процесса, после заболевания они сохраняются в течение нескольких месяцев. ПЦР к иерсиниям хоть и быстрый метод, но он часто улавливает непатогенные иерсинии, поэтому на основании этого метода со 100% уверенностью нельзя говорить о наличии заболевания. Все же в таком случае лучше опираться на посев кала.
Существует еще метод исследования на иерсиниоз - Вестерн-блот, но он мало где проводится.
Все же, я больше склоняюсь к тому, что это не иерсиниоз. Возможно, он был изначально и привел к развитию синдрома раздраженного кишечника, например. Вы получали не один курс антибиотиков, и уж иерсиния бы точно погибла за это время.
Кал на токсины клостридии диффициле не сдавали? Беспокоят ли боли в животе?