В настоящее время в патогенезе воспалительных заболеваний кишечника особое внимание уделяется роли генетической предрасположенности, влиянию окружающей среды, питания, состоянию иммунной системы и микробиоты. Пристальное внимание к этой проблеме связано с тем, что заболеваемость язвенным колитом в мире составляет до 500 случаев на 100 000 населения.
Полученные учеными еще в 80-х годах прошлого столетия данные свидетельствуют о том, что аутоиммунное воспаление слизистой оболочки толстой кишки может быть связано с дисбалансом резидентных населяющих кишечник микроорганизмов. Воспалительные заболевания кишечника возникают под влиянием стимулов окружающей среды у людей, имеющих генетическую предрасположенность. В этом процессе участвуют иммунные факторы защиты и микробиота, обитающая в просвете кишки. В результате иммунная система, ассоциированная со слизистой оболочкой кишечника, не может контролировать воспаление. Возможность контакта бактерий, обитающих в просвете кишки, с клетками иммунной системы хозяина обуславливается качественным и количественным составом кишечной микрофлоры; преобладанием в составе микробиома бактериальных клеток, имеющих способность к адгезии и инвазии; особенностями слизи, выстилающей оболочку ЖКТ, задерживающей и фиксирующей микробные клетки; полноценностью функции межклеточных контактов эпителиального слоя; плотностью сигнальных рецепторов; экспрессией антимикробных пептидов.