Да, здесь есть нюанс. Он выражается в том, что нарушение архитектоники должно иметь нерегулярность и прерывистость- только в этом случае можно думать о Кроне.
Опять же будет зависеть, на мой взгляд, от скорее случайности- откуда взяли биопсию с какой долей вероятности взяли характерный фрагмент.