В медицинской терминологии это будет называться хроническое бактерионосительство с периодическими острыми фазами при ослаблении иммунитета.
Посев кала при сальмонеллезе изначально имеет 30% статус ложноотрицательного ответа, а спустя месяцы, видимо, там вообще не имеет смысла искать.