На инфографике очень наглядно видно, как все это работает. Нет никакого "безумного" иммунитета, который поломался и начал атаковать собственный кишечник.
Есть проникновение "чужаков" туда, где им не место, соответственно, далее привлечение к "нарушителям границы" иммунных клеток.
Поэтому по биопсии вы и читаете -"инфильтрация лимфоцитами, нейтрофилами, эозинофилами и т.д."