Хороший вопрос.
Вообще, изучая эту тему, я пришел к выводу, что отличия очень, скажем так, непостоянные (в плане типичных находок) и очень зависит от квалификации морфолога.
При инфекциях в гранулеме будут обнаруживаться макрофаги, бактериальный детрит (иерсиния, бруцелла), нагноение, некроз. Это более характерно для них.
При Кроне скорее всего этого не будет.