Копрограмма не показывает вирусы и бактерии, для диагностики кишечных инфекций нужны молекулярные методы — ПЦР, культуральные исследования, анализы на антигены.
Невозможность обнаружения скрытой крови. Для этого существуют более точные иммунохимические тесты.