Сниженные лактобактерии говорит о нехватке хорошей микрофлоры в кишечнике.А если не хватает хорошей-ее место занимает условно-патогенная.Отсюда и обострения и пищевая непереносимость может быть.
Время ,на восстановление слизистой кишечника нужен не один месяц правильной диеты.