Хмс покажет в общем(так как кровь) и тонкую кишку и что в крови. Не очень объективно. Выше обсуждали 16s секвенирование если нужно узнать точное количество патогенов и полезных бактерии в микробиоме лучше его. Если только
По Толстой кишке состояние неплохо покажет колонофлор.