Глифосат избирательно убивает полезные бактерии, такие как бифидобактерии и лактобактерии, от которых зависит здоровье растений и животных, но усиливает активность серьезных патогенов, таких как клостридии, фитотера, питий и ризоктонии. Именно эти патогены на самом деле убивают растение; глифосат не убивает растения в стерильной почве.