Нашёл как-то довольно старую статью, где ставится вопрос на счёт аутоиммунности БК - https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2737171/
Although CD is immune mediated, it is not an autoimmune disease, as the immunological process appears to be triggered by the content of the gut lumen rather than a self-antigen.
Интересно, что там приводится 2 примера пациентов, которым удалось если и не полностью вылечится, то достичь очень серьёзной ремиссии после трансплантации гемопоэтических стволовых клеток.