Болезнь Крона также классифицируется в зависимости от фенотипического варианта (формы) как:
1. Нестриктурирующая, непенетрирующая (аналоги в русскоязычной литературе - просветная, инфильтративно-воспалительная, неосложненная, в англоязычной литературе -luminal);
2. Стриктурующая (стенозирующая);
3. Пенетрирующая (свищевая).
Перианальные поражения (свищи; анальные трещины, перианальные абсцессы) могут дополнять любой из указанных фенотипических вариантов, а также быть самостоятельным проявлением БК.