Конечно причина головной боли может быть любой. Если судить из того, что вижу со своей колокольни (а картина крайне ограниченная, входных фактов не хватает), но все же упомянем, что возможно дело в нехватке Магния.
Если же головная проблема связана именно с витамином Д, а не с чем-то другим, хоть и ваши дозировки вмтамина д и не очень большие, но требуют ко-факторов, таких как витамин К2(мк-7) и особенно магния❕ в вашем случаи.
Витамин D активируется с помощью магния, поэтому его запасы могут быстро истощаться. В таком случае недостаток магния может вызывать спазмы сосудов и головные реакции.
А в упомянутом вами Компливите присутствует в одной таблетке лишь 16 мг Магния (гидрофасфата григидрата) в то время как суточная норма в 20 раз выше. А в вашей дозировке считайте его почти нет.
Магний может быть основным или же дополнительным фактором.